ビオトープに向いた魚と言えば、ほぼ日本在来種となります。
魚は基本的に口に入るものはなんでも食べてしまいます。　魚と一緒にすれば、稚エビは多少食われると思ってください。
それをなるべく食われないように工夫するのもビオトープの楽しみです。

フナ
　生息域が底床付近であるため、飛び出す心配はほぼありません。
　上手く住み分けできれば、ビオトープに入れられると思います。　

メダカ
　口に入るものはなんでも食べます。　ですが、小さいので、その辺はあまり気にしなくても良いです。　自然に増やすことは難しいですが、手助けすれば増やすのは簡単なので
　手助けして少しずつ増やしながら、ビオトープでの自然繁殖に挑戦してみてはどうでしょうか？

ドジョウ
　主に底で生活していますが、意外に脱走の常習犯です。　砂場を作ってあげると良いかも。

その他の魚
　その他では、在来種ではありませんがアカヒレも屋外飼育に耐えられるようです（飼育実績なし）。

ヌマエビの仲間
　他の生物を襲うことは稀で色んな生き物との共生が可能な種類です。　ただし、飛び出すことが稀にあり、エビによっては、脱走することもあります。

ヤマトヌマエビ
　ペットショップ等でも売られていて入手しやすいヌマエビです。　遡上能力が高いので、脱走の恐れがあります。　
　大きくなる種類なので、他のエビとのパワーバランス等も考えて入れるようにしましょう。

ヌマエビ
　暑さに若干弱いように感じます。　容器の置き場所には注意が必要かも。　遡上能力も高めです。

ミゾレヌマエビ・ヒメヌマエビ
　ビオトープに入れるには丁度良いサイズです。　寿命が短めなのが・・・

ミナミヌマエビ
　ビオトープに一番向いているのがミナミヌマエビです。　寿命は短い方ですが、淡水繁殖が可能なので、環境さえ維持すれば、自然に増えます。

テナガエビの仲間
　スジエビならビオトープに入れても良いと思いますが、テナガエビは、狂暴過ぎて、無理です。
　テナガエビに比べればスジエビはかなりおとなしいので、全く問題ないとは言えませんが、ビオトープに入れちゃっても良いと思います。　

　コケや魚の食い残しなどを食べてくれます。

カワニナ
　コケ掃除屋としては相当なものです。　ただし、食べ過ぎて水草まで食べてしまうことも。
　卵胎生なので、卵を産み付けることはありません。　増えるので、採集する場合は、2匹程度にしておきましょう。

スネール類
　サカマキガイ、モノアラガイ、ヒラマキガイなどのスネール類です。　コケの掃除屋です。
　ガラス水槽では厄介者ですが、プラ舟などの側面が不透明な容器を使うビオトープでは、増えすぎても気にならないかも。
　コケが少ない水槽では、水草を食べてしまうこともあります。　その辺は、

マシジミ＆ヤマトシジミ
　水質向上に役立つとか役立たないとか・・・　泥又は、砂場が必要です。
　マシジミは淡水域、ヤマトシジミは汽水域に生息します。　スーパーなどで売られてリるのはヤマトシジミのようです。

石巻貝
　カワニナと同様にコケ掃除屋です。　海水がないと卵が孵化しないようで、）淡水では増えません。　※淡水でも孵化するが死んでしまうという情報もあります。　あの卵が孵化したのか、していないかは不明です・・・
　数の制御ができる点はメリットではないかと思います。　お店でも売ってますが、汽水域に行くと意外といます。
　欠点があるとしたら、卵でしょうか。　石などに２mm程度の楕円の白い卵を産みます。　孵化した後の殻なのか、孵化できず残った卵なのかは不明ですが、卵が残ります。

ヒメタニシ
　飼育経験がないので、なんとも言えません・・・